1、试剂质量不高，玻璃器皿不合格： 因此要求高纯度化学试剂和HPLC级溶剂、玻璃器皿按规定清洗干净。

2、微生物的影响：为防止微生物生长，每天要用甲醇清洗系统；怀疑系统内生长了微生物，可用稀硝酸冲洗即可(注意不要损坏柱和管道系统)。
3、配制流动相时操作不当等：真空脱气时防止泵油带入流动相，用清洁的惰性塞子、搅棒、过滤器和玻璃器皿配制流动相。
已经污染的流动相一定要废弃掉。
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