液相色谱仪见的故障就是堵塞了，“堵"的表现通常是柱压异常升高，直接原因就是流路不畅。
“堵"的原因之一：配制流动相时细菌污染。堵塞的主要位置就是在色谱柱的前端，最主要原因就是流动相里有杂质，杂质的主要来源就是细菌。
首先我们要认识到，一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理，直接使用没有问题。真正容易引起问题的，是水中的细菌。新制备的纯水在室内放置几天就会长菌，而这些细菌虽然肉眼不可见，却足以堵塞柱填料颗粒的空隙，造成柱子很快报废。
解决它的方法很简单，就是确保水的可靠性。这里有两种方式推荐：
（1）较好的方式当然是购买实验室专用纯水机，既方便又可靠，质量也放心，缺点就是价格不菲。
（2） 成箱购买市售品牌纯净水，这些水的质量足以应付液相色谱的要求。
“堵"的原因之二：使用流动相时的细菌污染。
指的是：流动相刚开始没有长菌，在使用时却产生了细菌污染。这主要是在使用多元液相色谱仪时的一种不良使用习惯造成的。
举个简单的例子：50％的甲醇水流动相，有两种使用方式。一种方式是在上机前就配好混合在一起，另一种方式是在流路A放纯甲醇，流路B放纯水。
从单纯实验效果来说，后一种有明显的优点：首先是简单，不需要实验者另个计算配比混合，其次就是比例准确，能得到保留时间重复性都很好的实验效果。
但是，它有一个致命的缺陷，就是纯水在流动相瓶中几天时间就会长细菌，一旦有细菌柱子就坏得很快。所以操作人员每次实验用新制备的纯水，并在每次实验后把水相换掉，换成甲醇冲洗干净。