1、在高效液相色谱仪中，使用多种溶剂作为流动相，当进行分析时所需成本高于气相色谱仪。且易引起环境污染、当进行梯度洗脱操作时，它比气相色谱仪的程序升温操作复杂。

2、高效液相色谱仪中缺少如气相色谱仪中使用的通用型检测器（如热导检测器和氢火焰离子化检测器）。近年来蒸发激光散射检测器的应用日益增多，有望发展成为高效液相色谱仪的一种通用型检测器。

3、高效液相色谱仪不能替代气相色谱仪，去完成要求柱效高达 10 万块理论塔板数以上，必需用毛细管气相色谱仪分析组成复杂的具有多种沸程的石油产品。

4、高效液相色谱仪也不能代替中、低压柱色谱法，在 200kPa 至 1MPa 柱压下去分析受压易分解、变性的具有生物活性的生化样品。